Юкитэру Амано — старшеклассник, испытывающий трудности в общении со сверстниками. Чтобы понять принципы социального взаимодействия, он систематически наблюдает за одноклассниками и фиксирует их поведение в электронном дневнике на своём телефоне. Стремясь справиться с одиночеством, юноша создаёт в своём воображении компаньона по имени «Деус Экс Машина», наделяя этого вымышленного персонажа способностью управлять временем и пространством.

Воображаемый друг неожиданно материализуется в виде разумного существа. Деус, проявив сочувствие к Юкитэру, предоставляет ему доступ к модифицированному дневнику, записи в котором начинают точно предсказывать события ближайшего будущего. Однако вскоре выясняется, что аналогичные артефакты были распределены и среди других учащихся. Между обладателями дневников будущего начинается скрытое противостояние, конечной целью которого является право стать преемником Деуса и получить его силу.