В Японии происходит событие, в результате которого половина населения крупного города бесследно исчезает. Главный герой, курьер по имени Такуя, продолжает выполнять свои рабочие обязанности по контракту с компанией. Его жизнь меняется после встречи с Юки — единственным человеком, который вернулся из опустевшего мегаполиса. Девушка сообщает, что массовые исчезновения могут быть связаны с письмом её отца.

Такуя и Юки отправляются в полупустой город, чтобы выяснить причину произошедшего. Их расследование приводит к обнаружению деятельности тайной организации, связанной с опасными личностями и заговорами. Героям предстоит разобраться в сложной сети событий и тайн, окружающих исчезновение людей. Ситуация оказывается более запутанной, чем изначально предполагали персонажи.