Наруто — мальчик из деревни Скрытого Листа, в теле которого запечатан демон Девятихвостый. После гибели родителей он живёт в одиночестве, избегаемый большинством жителей деревни. Сверстники отказываются с ним общаться, а взрослые относятся с подозрением. По достижении определённого возраста Наруто поступает в академию ниндзя, где его наставником становится Ирука Умино. Ирука, знающий обстоятельства прошлого Наруто, начинает опекать его, что становится для мальчика первой значимой поддержкой.

В ходе обучения Наруто самостоятельно осваивает технику теневого клонирования, используя украденный секретный свиток, и с её помощью побеждает злоумышленника, похитившего этот свиток. Успешно завершив академию, он попадает в команду под руководством Какаши Хатаке вместе с Сакурой Харуно и Саске Учихой. Команда начинает готовиться к экзамену на звание тюнина, где участники сталкиваются с реальной опасностью для жизни. Наруто продолжает стремиться к своей цели — стать Хокаге, лидером деревни, и в процессе сталкивается с многочисленными испытаниями и противниками, которые способствуют его развитию как ниндзя.