После взрыва на Токийском саммите на месте происшествия появился Тору Амуро, сотрудник Бюро безопасности национальной полиции, известный под оперативным псевдонимом «Зеро». К расследованию подключился детектив Рэй Фуруя, ученик частного сыщика Когоро Мори. Фуруя, скрывавший свою принадлежность к преступной организации «Черный синдикат» и имевший в её рядах кодовое имя «Бурбон», начал взаимодействовать с Амуро, чьи истинные мотивы и связи также оставались не до конца ясными.

В ходе следствия основные подозрения пали на Когоро Мори, который был арестован по обвинению в организации взрыва. В его невиновности был убежден только Конан Эдогава — подросток, являющийся на самом деле детективом-старшеклассником Джимми Кудо, чье тело уменьшилось в результате действий той же преступной организации. Стремясь найти настоящего преступника и очистить имя Мори, Конан начал самостоятельное расследование, понимая, что раскрытие этого дела способно повлиять на судьбы многих людей, вовлеченных в противостояние с синдикатом.