Через двадцать тысяч лет после отбытия с Земли Харуо возвращается на планету, претерпевшую значительные изменения. В новой экосистеме доминирует Годзилла, ставший верховным существом. Остатки человечества находятся на грани исчезновения. В этой ситуации Харуо знакомится с представителями племени Хутуа, Маиной и Мианой. От них он узнает о существовании древнего оружия, способного противостоять угрозе, — Меха-Годзиллы, артефакта, обладающего функцией самовосстановления благодаря нанометаллам. Целью Харуо становится поиск места, где этот артефакт был создан и сохраняется.

Вместе с племенем Хутуа Харуо начинает экспедицию к легендарному Городу Меха-Годзиллы. Путь осложняется враждебной средой и встречами с различными существами. В ходе путешествия формируется прочный союз между Харуо и племенем, основанный на общей цели. По достижении пункта назначения группа обнаруживает комплекс из нанометаллических структур. Данная технология способна генерировать механизированные боевые единицы и вооружение, предназначенные для конфронтации с Годзиллой.