На территории Гэнсокё, изолированной от внешнего мира магическим барьером, проживают ёкаи, необычные животные и редкие люди. За поддержание равновесия в этом регионе отвечает Рэйму, служащая в святилище Хакурэй, которое является центром пересечения измерений. В её обязанности входит расследование различных аномальных явлений, таких как вспышки неестественной активности, странные погодные условия, миражи, сны, шумы и исчезновения. Рэйму, часто вместе с подругами, занимается поиском причин этих инцидентов и восстановлением нарушенного баланса.

В ходе своей деятельности по улаживанию магических сбоев и предотвращению распространения аномалий, Рэйму однажды летним днём фиксирует изменения, выходящие за рамки обычных. Местность начинает пульсировать незнакомой энергией, а растительность приобретает несвойственные ей оттенки. Некоторые существа теряют память, забывая свои имена, происхождение и желания, постепенно превращаясь в отражения своих стремлений. Солнце перестаёт заходить, создавая непрерывный день, а тени начинают двигаться независимо от своих источников. На горизонте появляются не поддающиеся чёткому описанию фигуры, словно возникшие из чужих воспоминаний.