Ханако-кун — ученик старшей школы Камомэ, который известен как седьмая загадка академии. Он обладает способностью исполнять желания тех, кто находит его в женском туалете на третьем этаже старого корпуса. Его деятельность привлекает внимание первокурсницы Наны Ясиро, которая заключает с ним договор и становится его помощницей. Вместе они начинают взаимодействовать с другими сверхъестественными явлениями школы, каждое из которых связано с определенной легендой и правилами.

Сюжет сосредоточен на расследовании и разрешении инцидентов, связанных с загадками академии. В процессе работы Ханако и Ясиро сталкиваются с различными сущностями и духами, что приводит к раскрытию их личных историй и мотиваций. Взаимодействие персонажей раскрывает детали прошлого Ханако-куна и причины его нынешнего положения. Постепенно выясняется, что деятельность загадок влияет на баланс между миром живых и потусторонним.