Эдвард и Альфонс Элрики, сыновья алхимика, в возрасте 11 и 10 лет предпринимают попытку воскресить свою умершую мать, используя знания из книг отца. Ритуал нарушает фундаментальный запрет алхимии на создание жизни и приводит к тяжелым последствиям: Эдвард теряет левую ногу, а физическое тело Альфонса полностью уничтожается. Чтобы спасти душу брата, Эдвард жертвует своей правой рукой, запечатав её в соседских стальных доспехах. Позже Эдвард получает автомейл-протезы, заменяющие утраченные конечности.

Братья покидают родной город, и Эдвард, став государственным алхимиком, получает доступ к ресурсам для исследований. Их главная цель — найти способ вернуть свои исходные тела. Ключом к решению этой проблемы является философский камень, артефакт, позволяющий обойти законы эквивалентного обмена. Поиски камня вовлекают братьев в противостояние с различными группами, которые также стремятся завладеть его силой для собственных целей.