После победы над Кэрол прошло несколько недель. Хибики сталкивается с новой проблемой — необходимостью выполнить отложенные летние школьные задания, срок сдачи которых приближается. Параллельно с её попытками наверстать упущенное, Цубаса и Мария расследуют последствия Александрийского инцидента. Их поиски приводят к обнаружению организации, известной как Баварские Иллюминаты, которая, как выясняется, стояла за действиями Кэрол и кризисом Фронтира.

Расследование приводит Цубасу и Марию в южноамериканскую республику Вальверде, охваченную гражданской войной. На территории этого государства они встречают противника, обладающего силой, превосходящей предыдущие угрозы. Эта сила демонстрирует способность противостоять даже божественным существам, представляя новую опасность. Перед носителями «Мехасимфоний» встаёт задача противостоять этой неизвестной ранее угрозе.