После событий предыдущего сезона отношения между главными героями переходят на новый уровень. Юта и Рикку официально становятся парой. Старшая сестра Рикку уезжает в Италию, оставляя её на попечение Юты. В это же время Дэкомори переходит в старшую школу и вступает в местный клуб. Макото начинает экспериментировать со своим внешним видом из-за новой влюблённости. Нибутани, попробовав себя в театральном кружке, решает выдвинуть свою кандидатуру на пост президента студенческого совета.

Недалеко от дома Юты селится его давняя знакомая, ведьма Сатонэ, которая начинает рассматривать Рикку как свою соперницу. Параллельно с этим силы света готовят скрытое нападение на хранителей мрачного пламени. Членам клуба предстоит подготовить ответные действия, которые будут разворачиваться на территории студенческого совета. Ситуация постепенно выходит из-под контроля, ставя перед героями вопрос о том, удастся ли им разрешить нарастающие противоречия.