Прошло десять лет после победы над Доктором Хеллом и его империей. Кабуто Кодзи, ранее использовавший суперробота Мазингер Зет при поддержке лаборатории "Фотон Пауэр", сумел остановить угрозу и восстановить мир. В настоящее время Кодзи посвятил себя научной деятельности, продолжая дело своего отца и деда. Его исследования приводят к обнаружению крупного объекта, скрытого в глубине под горой Фудзи, внутри которого находится неизвестное существо.

Обнаружение этой структуры и её обитателя знаменует появление новой угрозы. Кодзи оказывается перед необходимостью принять решение, способное повлиять на будущее человечества. Ему предстоит вновь вступить в противостояние, применяя накопленные знания и опыт для противодействия неизученной силе. Его действия направлены на защиту мира, как и в прошлом, но теперь в условиях новых обстоятельств и вызовов.