События разворачиваются в Японии, объединяющей черты феодального и индустриального периодов. За несколько лет до начала повествования распространение вируса привело к появлению агрессивных существ — кабанэ. Уничтожить их можно только через сердце, защищенное броней. Обычное оружие против них неэффективно. Для выживания люди построили укрепленные станции-крепости, а для перемещения между ними используют бронированные поезда.

Главный герой, механик Икома, живет в крепости Араганэ. После потери близких из-за кабанэ он разработал оружие для борьбы с ними. Во время нападения кабанэ на город Икома испытывает свое изобретение. Оружие оказывается действенным, но в схватке герой получает укус. Ему удается остановить действие вируса, превратившись в кабанери — гибрида человека и кабанэ, обладающего повышенной силой. Вместе с другими выжившими Икома покидает город на поезде «Железная крепость», направляясь в наиболее защищенное укрепление — Конгокаку.