Такаси Нацумэ — старшеклассник, обладающий способностью видеть духов и ёкаев. Из-за этого дара он с детства ведёт замкнутый образ жизни, избегая общения со сверстниками, которые считают его поведение странным. После переезда в дом семьи Фудзивара на него начинают активно преследовать местные потусторонние сущности. Чтобы избежать их внимания, Такаси вынужден скрываться на территории синтоистского храма.

Способность видеть духов передалась Такаси от его покойной бабушки Рэйко. Духи, не различающие людей, принимают его за неё и требуют возвращения «Тетради дружбы». Главному герою предстоит выяснить, что представляет собой эта тетрадь и какие отношения связывали Рэйко с потусторонним миром. В этом ему помогает ёкай по имени Мадара, который принимает облик кота и становится одним из немногих, кто не проявляет к Такаси враждебности.