Мини-сериал «Класс убийц 2» является экранизацией одноименной манги в жанре боевого экшена. События разворачиваются вокруг учеников 9-го класса «Е» средней школы Кунугигаока, которые провели летние каникулы на изолированном острове. Перед началом нового учебного года перед классом стоит задача: устранить своего учителя, Коро-сэнсэя. Цель обусловлена тем, что Коро-сэнсэй является инопланетным существом, скрывающимся под человеческой оболочкой и планирующим открыть путь на Землю для своего вида.

Несмотря на демонстрацию профессиональных педагогических качеств и готовность помогать ученикам, учитель представляет угрозу для человечества, имея опыт захвата Луны. Коро-сэнсэй предлагает землянам игру, давая им шанс предотвратить вторжение. Однако его физические способности, включая скорость, превышающую скорость пули, и наличие мощных щупалец, делают попытки его обезвредить крайне сложными. Ученикам предстоит найти способ выполнить свою миссию.