Спустя три года после последней встречи избранные дети ведут раздельную жизнь. Таити Ягами сосредоточен на футбольной подготовке, Ямато Исида посвящает время музыкальным репетициям, а Мими Тачикава переехала в Соединенные Штаты. Контакты между бывшими союзниками стали редкими и формальными, их прежняя сплоченность практически утрачена.

В день, когда у Таити запланирован важный матч, а у Ямато — концертное выступление, Мими неожиданно возвращается в Японию. Одновременно из цифрового мира в человеческий проникает дигимон, проявляющий неконтролируемую агрессию. Вмешательство Агумона спасает Таити от опасности. Выясняется, что вирусная инфекция поразила обитателей цифрового мира, провоцируя их на разрушения. Избранные дети вновь объединяются со своими партнерами-дигимонами, чтобы противостоять новой угрозе.