В южном регионе Японии действует скрытая магическая академия, предназначенная для обучения детей с паранормальными способностями, которых называют экспертами. Учебное заведение специализируется на обучении контролю над этими силами. Внешнее спокойствие академии нарушается внутренними катаклизмами. Находящиеся у власти ученые осознают, что для противостояния внешней угрозе им необходимы ученики, так как сами они не обладают аналогичными способностями. Основные события часто разворачиваются в ночное время. В городе происходят постоянные конфликты между различными организациями, каждая из которых отстаивает собственную правду и при несогласии с другими сторонами переходит к стратегии уничтожения.

Обычные жители города не подозревают о происходящем, однако ученица Микото Мисака регулярно оказывается в центре этих событий. Микото обладает высоким уровнем энергетики и способна манипулировать объектами силой мысли. На нее оказывают давление обстоятельства из прошлого, связанные с личными счетами. Ей приходится балансировать между противостоящими силами, одновременно попадая в различные конфликтные ситуации. В их числе — нападения уличных хулиганов, расследованием которых должно заниматься подразделение "Правосудие", однако этим часто занимается сама Мисака, что вызывает недовольство ее подруги. Несмотря на это, ее способности помогают полиции в раскрытии преступлений.