Действие происходит в Японии, начиная с 1990-х годов. Сюжет сосредоточен на Такаки Тоно и состоит из трёх историй, охватывающих более десяти лет его жизни. Каждая часть представляет собой отдельный этап, связанный с любовными переживаниями персонажа. Первая часть, «Отрывок о цветущей сакуре», начинается в 1994 году. Тоно, завершивший начальные классы школы, испытывает первые романтические чувства к своей однокласснице Акари. Их общение прерывается из-за переезда семьи девочки в другой город, однако они поддерживают связь с помощью писем и редких встреч в выходные дни, несмотря на последующие переезды семьи Акари.

Через год Тоно решает передать Акари письмо с признанием в чувствах. При встрече происходит их первый поцелуй, письмо теряется, после чего их пути окончательно расходятся. Вторая часть, «Космонавт», описывает период учёбы Тоно в средней школе на другом острове. В него влюбляется одноклассница Канаэ Сумида, которая несколько лет скрывает свои чувства, испытывая неразделённую симпатию. Она признаётся ему лишь в выпускном классе. Финальная история, «5 сантиметров в секунду», показывает Тоно уже взрослым, работающим человеком. После расставания с девушкой, с которой у него были долгие отношения, он оставляет работу и теряет жизненные ориентиры. Во время одной из прогулок по городу он случайно встречает Акари, свою первую любовь.