В альтернативной исторической реальности Япония не подверглась внешнему вмешательству и внутренним конфликтам, таким как гражданская война или реставрация Мэйдзи. Общество постепенно адаптирует западные обычаи и культурные элементы, что приводит к изменению традиционной системы ценностей. Однако это развитие прерывается вторжением инопланетной расы, которая устанавливает контроль над японскими островами. Пришельцы подчиняют местное население, лишая его ресурсов и самостоятельности, что создает условия для борьбы за выживание.

В этой ситуации группа людей продолжает сопротивляться угнетению. Центральным персонажем является самурай по имени Гинтоки. Он перемещается по стране в сопровождении двух спутников: юноши Синпати и инопланетянки Кагуры. Их деятельность сосредоточена на выполнении различных поручений и противостоянии трудностям в измененном обществе, где самурайские традиции сталкиваются с новыми реалиями.