После уничтожения Солнечной системы инопланетной цивилизацией гаунов, остатки человечества выживают на борту космического корабля «Сидония». Жизнь на корабле организована в подземных тоннелях, где вырос Таниказэ Цутоми, слушавший рассказы деда о Земле. После смерти деда юноша покидает подземелье и, не имея навыков для работы, совершает кражу. В результате его приговаривают к службе в кадетском корпусе, готовящем пилотов для защиты Сидонии от постоянной угрозы.

Завершив обучение, Таниказэ Цутоми отправляется на свою первую боевую миссию. Во время неожиданной атаки гаунов его действия предотвращают значительные потери, что приводит к его назначению на должность капитана. Теперь от его решений зависит безопасность экипажа. Перед молодым капитаном стоит задача не только сражаться с инопланетными захватчиками, но и найти взаимопонимание с опытной командой пилотов, от которых зависит будущее человечества.