В Японии с развитыми кибернетическими технологиями для расследования дел, выходящих за рамки компетенции обычной полиции, формируется Девятый отдел МВД. Руководство отделом поручают Дайсукэ Арамаки. В его подчинение поступает майор Мотоко Кусанаги, чье тело в результате операций полностью заменено кибернетическим протезом. Ее физические и сенсорные возможности определяются как ключевые для работы в новом подразделении.

Первым делом отдела становится расследование взрыва бомбы. Для работы над ним Арамаки привлекает бывшего военного Бато, имеющего опыт боевых действий в Южной Америке, а также детектива Тогусу, известного аналитическими способностями. Совместное расследование приводит команду к террористической группировке, чьи мотивы выходят за рамки обычного насилия. В процессе работы между Кусанаги, Бато и Тогусой складываются рабочие отношения, основанные на профессиональном взаимодействии и взаимной проверке компетенций.