После катастрофы, вызванной появлением драконов, человечество использует для выживания особых людей — "Девочек Драконов", способных управлять силами этих существ. Главная героиня, Юко Канзаки, была инфицирована "вирусом дракона" в детстве и получила контроль над одним из сильнейших драконов по имени Фафнир. Её направляют в специализированную академию, где она знакомится с другими девушками, обладающими аналогичными способностями.

В ходе событий возникает новая угроза миру, что вынуждает Юко и её товарищей объединиться. Они сталкиваются с неизвестным противником, несущим разрушение, и начинают раскрывать тайны, связанные с изначальной катастрофой. Сюжет сосредоточен на их попытках противостоять этой опасности, используя свои уникальные силы и накопленные знания для защиты того, что им важно.