Юкитэру Амано — старшеклассник, испытывающий трудности в общении со сверстниками. Чтобы компенсировать это, он систематически наблюдает за окружающими и фиксирует их поведение в дневнике на своём мобильном телефоне, стремясь понять механизмы социального взаимодействия. Чувствуя одиночество, Юкитэру создаёт в своём воображении сущность по имени «Деус Экс Машина», наделяя её способностью управлять временем и пространством. Этот вымышленный друг становится для него единственным собеседником.

Воображаемая сущность неожиданно материализуется в виде разумного существа. Проявив сочувствие к Юкитэру, Деус наделяет его дневник новой функцией — записи в нём начинают точно предсказывать события ближайшего будущего. Это позволяет главному герою влиять на происходящее и менять свою жизнь. Однако вскоре выясняется, что аналогичные дневники будущего были розданы и другим подросткам. Между их владельцами начинается скрытое противостояние, целью которого является определение преемника Деуса, который унаследует его силу и положение.