Действие происходит в Японии, начиная с 1990-х годов. Сюжет сосредоточен на Такаки Тоно и состоит из трёх историй, охватывающих более десяти лет его жизни. Каждая часть представляет собой отдельный этап, связанный с любовными переживаниями персонажа. Первая часть, «Отрывок о цветущей сакуре», начинается в 1994 году. После окончания младших классов школы Тоно испытывает симпатию к своей однокласснице Акари. Их общение прерывается из-за переезда семьи девочки в другой город. Несмотря на расстояние, они поддерживают связь с помощью писем и редких встреч в выходные дни, хотя частые переезды семьи Акари осложняют их общение.

Через год Тоно решает передать Акари письмо с признанием в чувствах. Во время встречи происходит их первый поцелуй, но письмо теряется, после чего их пути окончательно расходятся. Вторая часть, «Космонавт», описывает период учёбы Тоно в средней школе на другом острове. В него влюбляется одноклассница Канаэ Сумида, которая несколько лет скрывает свои чувства. Только в выпускном классе она решается признаться ему. Заключительная история, «5 сантиметров в секунду», показывает Тоно уже взрослым, работающим человеком. После расставания с девушкой, с которой у него были долгие отношения, он оставляет работу и теряет жизненные ориентиры. Во время одной из прогулок по городу он случайно встречает Акари, свою первую любовь.