Аниме "Врата Штейна" основано на одноименной манге и вышло в апреле 2011 года. Сюжет разворачивается в современной Японии, где группа молодых исследователей создает устройство из микроволновой печи. Это устройство способно отправлять текстовые сообщения в прошлое. В процессе доработки механизма для перемещения живых существ, изобретатели привлекают внимание секретной организации SERN.

Организация SERN проводит собственные исследования в сфере путешествий во времени и параллельных миров, устраняя конкурентов и присваивая их разработки. Главные герои оказываются под угрозой, так как SERN установила их личность и местонахождение. Чтобы защитить свое изобретение от захвата, группе предстоит совершить серию перемещений во временном потоке.