Макото Юки поступает в частную академию Гэккокан и селится в студенческом общежитии. Во время нападения загадочного существа по имени Тень у него пробуждается способность призывать Персону — сверхъестественную сущность. Члены секретного студенческого клуба SEES, который специализируется на борьбе с Тенями, замечают этот потенциал и предлагают Макото присоединиться к ним. Первоначально он принимает предложение без особого интереса, но постепенно начинает устанавливать связи с другими участниками группы.

По мере развития расследования SEES находит новые методы для противостояния Теням в период, известный как «Тёмный час». Макото сталкивается с внутренним конфликтом: необходимость участвовать в этой борьбе начинает влиять на его повседневную жизнь и отношения с товарищами. Он осознаёт, что его место в клубе — это то, что связывает его с другими, и пытается найти баланс между личными обязательствами и миссией группы.