Действие происходит в параллельном мире, напоминающем средневековую Японию. В этом мире обитает множество духов, большинство из которых безвредно перемещаются по территории, не взаимодействуя с живыми. Некоторые духи испытывают страдания из-за невозможности изменить свою судьбу. Однако существуют и агрессивные призраки, движимые жаждой мести и хаоса, чья цель — причинять вред людям. По стране путешествует мужчина, известный как Аптекарь. Он продаёт в разных городах эффективные лекарственные средства, но эта торговля не является его основной деятельностью.

Главной целью Аптекаря является борьба с мононокэ — наиболее опасными злыми духами, которые смирились со своей участью и целенаправленно вредят людям. Для их уничтожения он использует особый меч, однако одного оружия недостаточно. Процесс ликвидации призрака состоит из трёх обязательных этапов. Первый этап, «Форма», предполагает визуализацию духа, делая его осязаемым. На втором этапе, «Суть», необходимо собрать информацию о прошлом призрака, когда он был человеком. Третий и наиболее сложный этап — «Причина», который требует понять мотивы, заставляющие дух оставаться в мире живых.