В Японии действует военная структура под названием Корпус обороны, созданная для противодействия периодическим атакам гигантских существ, известных как кайдзю. После каждого сражения специально обученные бригады занимаются ликвидацией последствий, включая уборку останков монстров и восстановление разрушенных территорий.

Кафка Хибино работает в одной из таких бригад. В подростковом возрасте он безуспешно пытался вступить в Корпус обороны, и теперь его обязанности ограничиваются очисткой мест боев. Ситуация меняется, когда в его организм попадает паразит, дающий Кафке способность превращаться в кайдзю. Это событие ставит под вопрос его дальнейшую роль в сложившейся системе противостояния угрозам.