Махиро Ясаке — ученик восьмого класса, стремящийся к обычной жизни. Его повседневность нарушается появлением агрессивных существ, а также богини Няруко Кхотеп, проявляющей навязчивый интерес к юноше. Няруко демонстрирует необычные привычки, например, использует опасных монстров для приготовления завтрака. В мире, где молодые люди в Японии с детства сосуществуют с божествами различных пантеонов, Махиро оказывается связан с существами из мифов Лавкрафта.

Эти древние сущности принимают человеческие облики: Ползучий Хаос становится светловолосой Няруко, Ктулху — застенчивой Куко, а Азатот — рассудительной Атоко. Все они поселяются в доме Махиро. Их целью является изменение судьбы мира и противостояние инопланетянам, которые стали проявлять враждебность к школьнику. Прежде чем приступить к своим планам, троица решает изучить человечество, уделяя особое внимание такому явлению, как любовь.