Чизуру Юкимура, переодевшись в мальчика, отправляется в Киото на поиски пропавшего отца, доктора Куду. В городе она сталкивается с агрессивными ронинами, от которых её спасает загадочный самурай с белыми волосами. Однако вскоре появляются члены специальной полиции сёгуната — синсэнгуми, которые задерживают Чизуру для допроса. В ходе расследования выясняется, что её отец является ключевой фигурой в их операциях.

Начальник полиции разрешает Чизуру остаться под защитой синсэнгуми до завершения поисков. Она становится ассистентом заместителя командира Тосидзо Хидзикаты, постепенно вовлекаясь в деятельность подразделения. В процессе работы Чизуру узнаёт о политических интригах в Киото и тайнах, связанных с самураем, обладающим серебристыми волосами и красными глазами. Её положение требует осторожности, поскольку расследование затрагивает опасные аспекты жизни города.