Юкитэру Амано — старшеклассник, испытывающий трудности в общении со сверстниками. Чтобы понять принципы социального взаимодействия, он систематически наблюдает за одноклассниками и фиксирует их поведение в цифровом дневнике на своём телефоне. Стремясь справиться с одиночеством, юноша создаёт в своём воображении компаньона по имени «Деус Экс Машина», наделяя этого вымышленного персонажа способностями к контролю над временем и пространством.

Воображаемый друг неожиданно материализуется в форме разумного существа. Деус, проявив сочувствие к Юкитэру, предоставляет ему особый дневник, записи в котором начинают с точностью предсказывать события ближайшего будущего. Однако вскоре выясняется, что аналогичные артефакты были распределены и среди других подростков. Между обладателями дневников разворачивается конкурентная борьба, где конечной целью является право стать преемником Деуса и получить его силу.