Главную героиню зовут Ноль Два, что является её идентификационным кодом, как и у других персонажей в её окружении. Сюжет начинается с того, что у неё наблюдаются провалы в памяти неизвестного происхождения. Единственное, что она может чётко вспомнить — это факт своего заключения. Предшествующие этому события полностью стёрты из её сознания. Периодически в памяти девушки возникают фрагменты воспоминаний о женщине, исполнявшей роль матери. Эта женщина сыграла значительную роль в её становлении. Позже к Ноль Два возвращается воспоминание о том, как та же женщина подарила ей иллюстрированную книгу.

Содержание книги не привлекло внимания героини, в отличие от иллюстраций в ней. В ходе повествования выясняется, что несколько лет назад над Ноль Два проводились нестандартные эксперименты в учреждении под названием «Сад». В этой лаборатории она встречает мальчика по имени Хиро, имеющего код Ноль Шестнадцать. Они совместно предпринимают попытку побега, которая заканчивается почти мгновенным задержанием. В этот момент Хиро даёт обещание жениться на Ноль Два. После поимки обоим беглецам полностью стирают память, что приводит к взаимному забвению. Однако позже Ноль Два начинает вспоминать человека, к которому испытывала чувства, и принимает решение разыскать его.