Альтомар представляет собой столичный город, расположенный в водном пространстве. Помимо архитектурных особенностей, местность известна легендой о двух уникальных покемонах, обитающих в этом регионе. Сюжет сосредоточен на путешествии тренера Эша Кетчама и его покемона Пикачу, которые прибывают в Альтомар. В ходе событий они сталкиваются с двумя загадочными покемонами — Ратиасом и Ратиосой. Эти существа, являющиеся старшим братом и младшей сестрой, демонстрируют необычную эмоциональную связь, способную передавать чувства без слов.

На покемонов начинают охоту сестры Занна и Рион, известные как профессиональные ловцы. Их попытки поймать Ратиаса и Ратиосу вовлекают в конфликт Эша и его спутников. Ситуация осложняется тем, что легендарные покемоны обладают способностью под названием «Капля души», применение которой может привести к затоплению Альтомара. Одновременно с этим на город совершает нападение покемон Деоксис, чьи мотивы изначально неясны. Развитие событий раскрывает взаимосвязь между этими угрозами и ролью главных героев в разрешении кризиса.