Аниме представляет собой адаптацию ранобэ «Цикл историй», занимающего третье место в общей хронологии связанной вселенной. Сюжетная арка «Чёрная глава» завершает второй сезон франшизы. Главный герой, Коёми Арараги, погружается в самоанализ и философские размышления, которые он активно обсуждает с окружающими его девушками: Осино, Синобу, Карэн и Цукихи. Его поглощённость собственными идеями приводит к недопониманию в общении, на что некоторые из собеседниц отвечают молчанием. В центре его размышлений оказывается вопрос о природе его интереса к однокласснице Цубасе Ханэкаве.

Арараги принимает решение разобраться в своих чувствах. Цубаса Ханэкава в это время испытывает стресс из-за обязанностей старосты класса, сложной семейной обстановки и учебной нагрузки. Во время совместной прогулки с Арараги она становится участницей сверхъестественного инцидента. Причиной послужило обнаружение школьниками мёртвой кошки, которую они решили похоронить. В результате высвободившаяся душа животного находит пристанище в теле Ханэкавы, оказывая на неё влияние и вовлекая в необычные ситуации.