На территории Гэнсокё, изолированной от внешнего мира магическим барьером, проживают ёкаи, необычные животные и редкие люди. Центром этого пространства является святилище Хакурэй, где служит Рэйму. Её обязанность — поддерживать равновесие и расследовать различные аномальные события, такие как странные погодные явления, миражи, исчезновения или необъяснимые шумы. Вместе с помощницами она выявляет причины этих инцидентов и восстанавливает нарушенный порядок.

В ходе своей деятельности Рэйму сталкивается с новыми, нехарактерными явлениями. Местность начинает излучать неизвестную энергию, а растения приобретают несвойственные им цвета. Некоторые обитатели Гэнсокё теряют память, забывая свои имена и прошлое. Нарушаются природные циклы — солнце не заходит, а тени обретают самостоятельное движение. На горизонте появляются неописуемые сущности, словно пришедшие из чужих воспоминаний, что вынуждает Рэйму искать источник этих изменений.