Ханако-кун — ученик старшей школы, известный своей способностью исполнять желания. Его деятельность привлекает внимание других учащихся, что приводит к вовлечению персонажей в различные сверхъестественные ситуации. Сюжет строится вокруг взаимодействия с духами и аномалиями, существующими в школьном здании. Главные герои исследуют эти явления, выполняя связанные с ними поручения и раскрывая прошлое каждого призрака.

По мере развития событий персонажи сталкиваются с необходимостью решения личных проблем и преодоления внутренних конфликтов. Взаимоотношения между Ханако-куном и его союзниками постепенно усложняются, раскрывая их мотивы и предыстории. Сюжетная линия фокусируется на расследовании тайн школы и природы самих сверхъестественных существ, что приводит к изменениям в жизни главных героев и их восприятии окружающей реальности.