Действие происходит в городе Альтомар, столице водного пространства. Эш Кетчум и его покемон Пикачу прибывают в этот город, где знакомятся с двумя редкими покемонами — Ратиасом и Ратиосой. Эти покемоны, представленные как брат и сестра, обладают сильной эмоциональной связью, позволяющей им понимать друг друга без слов. Их присутствие в Альтомаре связано с местной легендой.

На Ратиаса и Ратиосу обращают внимание сёстры Занна и Рион, профессиональные охотники за покемонами. Их попытка поймать этих покемонов вовлекает в конфликт Эша и его спутников. Ситуация осложняется тем, что способности Ратиаса и Ратиосы связаны с артефактом под названием «Капля души», который потенциально может привести к затоплению Альтомара. Также возникает угроза со стороны покемона Дэоксиса, атакующего город. Развитие сюжета показывает, как герои пытаются защитить редких покемонов и предотвратить катастрофу.