Во втором сезоне Кенсин Химура начинает работать инструктором в додзё семьи Камия. Его взаимодействие с Каору Камией, владелицей додзё, приводит к изменению его взглядов. Химура принимает на себя ответственность за судьбу этого места. Работа в додзё становится для него постоянным занятием, а отношения с Каору перерастают в партнерство, основанное на взаимной поддержке.

Действие переносится в Киото, где Химура сталкивается с новой угрозой. Его противником становится Макима Шишио, лидер организации, стремящейся к захвату власти. Конфликт с Шишио вынуждает Химуру вновь применить свои боевые навыки. Противостояние становится центральным событием этого этапа сюжета, определяющим дальнейшие действия главного героя.