Семнадцатилетний Шиничи Кудо обладает аналитическими способностями, которые позволяют ему успешно расследовать преступления. Во время возвращения домой с подругой детства Ран Мори он становится свидетелем незаконной сделки членов криминальной организации. Замеченный преступниками, Шиничи оказывается в их власти. Ему насильно дают принять экспериментальную таблетку, после чего он теряет сознание. Придя в себя, Кудо обнаруживает, что его тело физически уменьшилось до размеров семилетнего ребенка.

Чтобы скрыться от преследования мафиози, Шиничи принимает решение инсценировать свою смерть. Он обращается за помощью к Ран, представляясь вымышленным родственником, и селится в её доме. Отец Ран, Когоро Мори, руководит частным детективным агентством. Используя свои сохранившиеся интеллектуальные способности и знания, Шиничи под псевдонимом Конан Эдогава начинает тайно помогать в расследовании различных дел, одновременно пытаясь найти способ вернуть себе прежний облик и раскрыть деятельность преступной организации.