Аниме "Невероятные приключения ДжоДжо: Рыцари звёздной пыли" представляет историю противостояния. Антагонист Дио пробуждается после столетнего заключения в морской глубине и начинает планировать месть против рода Джостаров. Джотаро Куджо, главный герой, принимает решение противостоять угрозе. Конфликт развивается вокруг нового типа способностей, известных как Стенды. Эти проявления духа наделяют пользователей уникальными силами, которые становятся основным инструментом как для защиты, так и для атак.

Джотаро формирует группу, куда входит его дед Джозеф Джостар и другие союзники. Их целью становится путешествие из Японии через Азию в Каир, Египет, чтобы остановить Дио до того, как его планы осуществятся. Мотивацией для путешествия также является спасение матери Джотаро, находящейся в опасности. Сюжет строится на последовательных столкновениях группы с различными противниками, использующими Стенды, на пути к финальной конфронтации с главным антагонистом.