Ацуко, главная героиня аниме "Академия ведьмочек", получает письмо о зачислении в магическую академию, о которой она давно мечтала. Она немедленно отправляется в учебное заведение, однако её прибытие встречает холодный приём. Остальные студенты, преимущественно из городской среды, смотрят на неё свысока из-за её деревенского происхождения и открыто выражают мнение, что ей нет места среди них. Они начинают предпринимать действия, чтобы вынудить её покинуть академию.

Несмотря на давление, Ацуко принимает решение остаться и бороться за своё место, рассматривая эту возможность как единственный шанс осуществить свою мечту. Параллельно сюжет раскрывает исторические тайны академии, включая происхождение магического артефакта, известного как большой камень. Также подробно освещается прошлое ключевых персонажей, таких как госпожа Урсула и семья Дианы, проливая свет на события, которые ранее лишь упоминались. Визуальный стиль аниме сохраняет преемственность с предыдущими работами, без значительных изменений в художественном исполнении.