Накадзима Нанао является студентом специального курса в учебном заведении, расположенном на удаленном необитаемом острове. Эта школа предназначена для подготовки молодых людей, обладающих особыми навыками, к борьбе с существами, классифицируемыми как "враги человечества". Учебный процесс сосредоточен на развитии индивидуальных способностей учащихся, которые в перспективе должны стать основным оружием против угроз. Повседневная жизнь Нанао протекает в среде, где доминируют сильные личности, чьи таланты делают их ключевыми фигурами в программе. Однако сам он не обладает выраженными способностями, что выделяет его среди сверстников и становится причиной постоянных насмешек и давления с их стороны.

Рутинное существование главного героя меняется с прибытием в класс двух новых учеников: Онодера Кёя и Хиираги Нана. Школьная система, финансируемая государством, предоставляет обладателям способностей условия для обучения без материальных ограничений. Хиираги Нана внешне производит впечатление неловкого и замкнутого человека, но постепенно налаживает контакты с одноклассниками. Её истинная роль отличается от статуса обычной студентки: она действует по заданию, и её миссией является устранение учащихся, проявляющих особые таланты. Это скрытое намерение добавляет в учебный процесс элемент опасности и ставит под вопрос безопасность всей системы подготовки.