Накадзима Нанао является студентом специального курса в учебном заведении, расположенном на удаленном необитаемом острове. Эта школа предназначена для подготовки молодых людей, обладающих особыми навыками, к борьбе с существами, классифицируемыми как враги человечества. Учебный процесс сосредоточен на развитии индивидуальных способностей учащихся, которые в перспективе должны стать основным оружием против угроз. Повседневная жизнь Нанао протекает в среде, где доминируют сверстники, чьи силы делают их опасными, а его собственное положение маргинализировано из-за отсутствия выраженных талантов.

Ситуация изменяется с прибытием в класс двух новых учеников: Онодера Кёя и Хиираги Нана. В то время как система обучения финансируется государством и предоставляет ресурсы для развития способностей, истинные мотивы Хиираги Нана остаются скрытыми. Внешне демонстрируя социальную неловкость, она на самом деле выполняет задание, целью которого является устранение учащихся, обладающих особыми навыками. Ее присутствие вносит скрытую угрозу в устоявшуюся динамику класса.