После расформирования "Девятого отдела", бывшей организации по борьбе с преступностью, её экс-руководитель Мотоко Кусанаги формирует новую команду. Коллектив работает как наёмная группа, специализирующаяся на киберпреступлениях. Развитие технологий привело к повсеместному внедрению нейронных имплантов, известных как "наномозги", которые обеспечивают прямой доступ пользователей к сети. Эта инновация породила новый вид правонарушений, связанных с вмешательством в сознание людей.

Команда Мотоко Кусанаги, состоящая из узких специалистов в различных технических и оперативных областях, берётся за расследование подобных дел. Их работа сосредоточена на противодействии методам цифрового манипулирования, с которыми ранее не сталкивались правоохранительные структуры. Для группы каждое задание является не только способом заработка, но и возможностью подтвердить свою профессиональную компетентность в данной сфере деятельности.