В альтернативной реальности Британская империя установила контроль над значительной частью мира, включая Японию, переименованную в Зону 11. Оккупационный режим поддерживается военной силой, оперативно подавляющей любые проявления сопротивления. В ответ на это формируется подпольное движение, стремящееся освободить страну от колониального господства.

Лелуш Лэмперуж, бывший принц Британии, живущий в Японии под прикрытием обычного студента, случайно оказывается вовлечен в столкновение повстанцев с военными. В ходе инцидента он получает от загадочной девушки по имени С.С. способность подчинять своей воле любого человека, но лишь один раз. Используя эту силу, Лелуш принимает решение о мести империи, свергнувшей его семью. Он создает альтер эго — лидера сопротивления по имени Зеро, который координирует действия повстанцев и ведет стратегическую борьбу против британских военачальников, стремясь в конечном итоге достичь императорского трона.