На Земле появилась новая форма жизни под названием «Сэйвиджи», представляющая угрозу для человечества. Для противодействия этой угрозе ученые создали специализированное оружие — «Сотню», эффективное против данных существ. Однако способность управлять этим оружием проявляется не у всех, что привело к созданию специальных учебных заведений. В этих школах юноши и девушки проходят подготовку, оттачивая навыки владения Сотней в ходе практических дуэлей.

Хаято Кисараги, давно стремящийся стать мастером этого оружия, поступает в специализированный университет. Там он встречает девушку, которую когда-то спас, и она становится его соседкой по комнате. Учебный процесс включает дуэль с президентом студенческого совета Клэр Харви, считающимся сильнейшим бойцом в заведении. Этот поединок становится для Хаято первым значительным испытанием на пути к поставленной цели.