Старшеклассник Шиничи Кудо обладает аналитическим складом ума и репутацией талантливого сыщика. После свидания он становится случайным свидетелем незаконной деятельности членов преступной группировки. Замеченный преступниками, Шиничи оказывается в их власти. Ему насильно дают принять экспериментальную таблетку, после чего он теряет сознание. Придя в себя, Кудо обнаруживает, что его тело физически уменьшилось до размеров семилетнего ребенка.

Чтобы скрыться от преследующих его мафиози, Шиничи принимает решение изменить свою жизнь. Он находит убежище в доме своей подруги детства, Ран Мори, и представляется новым именем — Конан Эдогава. Отец Ран, Когоро Мори, работает частным детективом. Используя свои сохранившиеся интеллектуальные способности и знания, Шиничи начинает тайно помогать в расследовании различных дел, одновременно пытаясь выяснить способ вернуть себе прежнее тело и разоблачить организацию, ответственную за его трансформацию.