В аниме "Врата Штейна" группа молодых людей создаёт устройство из микроволновой печи, способное отправлять текстовые сообщения в прошлое. Пока изобретатели работают над усовершенствованием аппарата для перемещения живых существ, их разработкой начинает интересоваться секретная организация SERN. Эта структура давно ведёт собственные исследования в области путешествий во времени и параллельных миров.

SERN систематически устраняет независимых учёных, работающих в этой сфере, и присваивает их наработки. Осознав, что их личность и местонахождение раскрыты, главные герои оказываются под угрозой. Чтобы защитить себя и своё изобретение от захвата, им предстоит совершить серию перемещений во временном потоке, пытаясь опередить действия противника.