Действие происходит в городе Альтомар, столице водного пространства. Главный персонаж Эш Кетчум и его покемон Пикачу прибывают в этот город, где становятся свидетелями появления двух редких покемонов — Ратиаса и Ратиосы. Эти покемоны, являющиеся братом и сестрой, обладают уникальной эмоциональной связью, позволяющей им понимать друг друга без слов. Их присутствие в Альтомаре привлекает внимание охотников за покемонами, сестёр Занны и Рион, которые планируют захватить редких существ для собственных целей.

В процессе противостояния с охотниками Эш и его друзья узнают, что Ратиас и Ратиоса связаны с артефактом под названием «Капля души», способным вызвать катастрофическое наводнение в Альтомаре. Ситуация осложняется неожиданным нападением на город покемона Дэоксиса. Сюжет развивается вокруг попыток главных героев защитить легендарных покемонов, предотвратить использование разрушительной силы артефакта и выяснить причины агрессии Дэоксиса по отношению к городу.