Юкитэру Амано, старшеклассник, испытывающий трудности в общении, ведёт подробные записи о поведении своих одноклассников в дневнике на мобильном телефоне. Этот метод он использует как попытку анализа социальных взаимодействий и адаптации к ним. Чтобы справиться с одиночеством, Юкитэру создаёт в своём воображении сущность по имени "Деус Экс Машина", наделяя её способностью управлять временем и пространством.

Воображаемый друг неожиданно материализуется в виде разумного существа. Деус, проявив сочувствие к Юкитэру, наделяет его дневник новой функцией: записи в нём начинают точно предсказывать будущие события. Однако вскоре выясняется, что аналогичные дневники будущего были розданы и другим подросткам. Между их владельцами начинается конфликт, конечной целью которого является право стать преемником Деуса и получить его силу.