События разворачиваются в параллельном мире, напоминающем средневековую Японию. В этом мире обитает множество духов, большинство из которых перемещаются по стране, не представляя прямой угрозы для живых людей. Многие из этих призраков испытывают страдания из-за невозможности повлиять на свою судьбу. Однако существуют и враждебные духи, движимые хаосом и жаждой мести, чья цель — причинять вред живым. По разным городам странствует мужчина, известный как Аптекарь. Он торгует лекарственными снадобьями, которые оказываются эффективными, но это не является его главным занятием.

Основная задача Аптекаря — противостояние существам, называемым «мононокэ». Так именуют наиболее опасных и злобных духов, которые смирились со своей участью и намеренно вредят людям. Для их устранения главный герой использует особый меч, однако одного оружия недостаточно. Каждое противостояние требует трёхэтапной подготовки. Первый этап, «Форма», предполагает визуализацию духа, делая его осязаемым. Второй этап, «Суть», заключается в сборе информации о прошлом призрака, когда тот был человеком. Третий и наиболее сложный этап — «Причина», в ходе которого необходимо понять мотивы, заставляющие духа оставаться в мире живых.